Kết nối, liên thông các phần mềm quản lý văn bản của các bộ, ngành, địa phương với Văn phòng Chính phủ được xác định là một trong 3 nhiệm vụ trọng tâm của Nghị quyêt 36a. Nhiệm vụ này được Chính phủ giao cho Văn phòng Chính phủ chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành Trung ương và UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương triển khai.
Trước đó, trong báo cáo quý I/2016 về tình hình thực hiện Nghị quyết 36a về Chính phủ điện tử, Văn phòng Chính phủ đã khẳng định, việc kết nối, liên thông các phần mềm quản lý văn bản tới Văn phòng Chính phủ bước đầu đã đạt kết quả: hầu hết các bộ, ngành, địa phương đã hoàn thành kết nối hệ thống quản lý văn bản với Văn phòng Chính phủ; Văn phòng Chính phủ đã chính thức liên thông (gửi, nhận) văn bản điện tử với UBND TP.HCM và UBND Hà Nội, hệ thống cho phép tự động nhận biết được trạng thái xử lý văn bản giữa các cơ quan.
Văn phòng Chính phủ nhận định, lần đầu tiên tại Việt Nam thực hiện được liên thông hệ thống quản lý văn bản giữa các cơ quan khác nhau. Đây là tiền đề quan trọng tiến tới giảm tỷ lệ sử dụng giấy tờ, giảm thời gian xử lý công việc, cung cấp công cụ để kiểm tra, giám sát quá trình thực thi công việc một cách nhanh chóng, hiệu quả, chính xác, góp phần đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính.
Tại Nghị quyết phiên họp thường kỳ tháng 3/2016, Chính phủ đã yêu cầu các bộ, ngành, địa phương phải hoàn thành liên thông văn bản điện tử với Văn phòng Chính phủ và chuẩn bị các điều kiện kỹ thuật cần thiết tích hợp thử nghiệm các dịch vụ công lên Cổng dịch vụ công quốc gia trước ngày 1/7/2016. Còn trong báo cáo quý I/2016 về tình hình thực hiện Nghị quyết 36a, Văn phòng Chính phủ đã đưa ra mốc trước ngày 1/6/2016, tất cả các bộ, ngành, địa phương phải hoàn thành liên thông các hệ thống quản lý văn bản với Văn phòng Chính phủ để hình thành hệ thống quản lý văn bản điện tử thống nhất, thông suốt từ trung ướng đến địa phương.
Tuy nhiên, trên thực tế, theo tổng hợp của Văn phòng Chính phủ, đến ngày 3/5/2016, có 29 bộ, ngành, địa phương liên thông hệ thống quản lý văn bản điện tử với Văn phòng Chính phủ. Và tính đến ngày 2/6/2016, tổng số bộ, ngành, địa phương đã liên thông văn bản điện tử với Văn phòng Chính phủ mới chỉ là 50 cơ quan, đơn vị, gồm 6 bộ, ngành và 44 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.